Det fanns farhågor om att Messi inte skulle vara redo att starta då den argentinske stjärnan tidigare den här månaden haft problem i ena låret.
Men Messi, som nu gjort 25 mål – varav 20 i ligan – den här säsongen, fanns med i startelvan efter det drygt tre månader långa coronaavbrottet.
LÄS MER: Kennet Andersson om IFK Göteborgs mittbacksjakt: "Han hade inte stått här om inte coronan kommit"
Barcelona chockstartade mot Mallorca, trea från slutet i den spanska fotbollsligan. Bara dryga minuten var spelad när Arturo Vidal nickade in Jordi Albas perfekta inlägg.
I den 37:e minuten kom 2–0 då danske Martin Braithwaite sköt sitt första mål för Barcelona, det sedan Messi nicktouchat fram bollen.
Hittade rätt
Messi gjorde hattrick när lagen möttes på Camp Nou i december, men den här kvällen skulle det dröja länge innan han fick utdelning.
LÄS MER: Bernhardsson om klubbvalet efter Öis-succén: ”Var självklart”
Det gjorde inte så mycket. Under tiden samlade Messi passningspoäng i stället och frispelade Jordi Alba fram till 3–0 i 79:e minuten och sedan slog han till och fastställde 4–0 på tilläggstid i den 93:e minuten.
Barcelona utökade därmed serieledningen till fem poäng före Real Madrid som möter Eibar på hemmaplan på söndagen.
Trots att matchen på grund av coronareglerna spelades utan publik lyckades en person ta sig in på läktarna – och sedan in på planen, där han hann be Barcelonas Jordie Alba om en selfie innan han fördes bort och spelet efter en kort paus kunde återupptas.
Under söndagen kom beskedet att planstormaren kommer polisanmälas.
I ett uttalande skriver ligan att man kommer att ta till rättsliga åtgärder mot supportern "som tog sin in på plan utan tillstånd och bröt mot reglerna från hälsomyndigheten och trotsade säkerhetspersonalen. La Liga vill visa sitt absoluta fördömande för detta uppträdande vilket riskerar andras hälsa och förstör integriteten för tävlingen”.
Supportern, som varken bar munskydd eller handskar, togs om hand av säkerhetspersonal och polis, och sade senare i en intervju med radiokanalen Cadena Cope att han tog sig över ett två meter högt staket för att ta sig in på arenan.
Tidig utvisning
Det var en bra dag även för Barcelonas lillebror Espanyol.
Den nedflyttningshotade jumbon fick den perfekta starten efter den långa coronapausen och vann hemma över Alaves med 2–0.
LÄS MER: 225 dagar av väntan är över – nu börjar allsvenskan
Barcelonalaget fick spela med en man mer i drygt 70 minuter sedan gästernas målvakt Fernando Pacheco missbedömt en långboll och tagit med händerna utanför straffområdet i 19:e minuten.
Hemmalagets Bernardo Espinosa nickade in ledningsmålet i slutsekunderna av första halvlek bakom Pachecos ersättare Roberto Jimenez och Wu Lei gjorde 2–0 i friläge bara ett par minuter in i andra halvlek.
Espanyol ligger kvar på jumboplatsen i La Liga-fotbollen, men säsongens femte trepoängare innebär att avståndet till närmaste lag ovanför nedflyttningsstrecket, Celta Vigo, är tre poäng med en match mer spelad.