Domslutet är ett bakslag för ex-presidenten, som via ett tidigare domstolsbeslut tillfälligt lyckades stoppa utredarna från att gå igenom dokumenten med hänvisning till att en oberoende utredare först skulle gå igenom dem.
Det nya beslutet innebär att justitiedepartementet nu kan återgå till att granska de dokument som beslagtogs och så småningom fatta beslut om det ska väckas åtal eller ej.
Domstolen pekar även på att Trump inte presenterat några bevis för att han skulle ha hävt sekretessen på de omkring 100 hemliga dokument som hittades, vilket han själv har påstått.
Vid razzian i Trumps residens Mar-a-Lago, som även fungerar som medlemsklubb, tog FBI med sig 33 lådor med material. De innehöll mer än 100 hemligstämplade dokument. Bland annat fanns sådana på Trumps kontor.
Av den offentliggjorda ordern om husrannsakan framgår att FBI utreder möjliga brott mot tre federala lagar, varav det allvarligaste faller inom spionerilagen. Misstankarna gäller inte direkt spioneri, utan insamlande, spridande eller förlust av hemligstämplat material.
Trump har sedan tidigare hävdat att tillslaget var politiskt motiverat.